早上起来撒尿时尿道刺痛，其治疗需依据具体原因，原因包括生理性原因和病理性原因。
一、生理性原因
1.在进行医疗检查操作如尿道扩张后，可能导致黏膜轻微损伤，从而出现排尿刺痛感，像导尿、膀胱镜等检查后就可能如此。
2.也可能和近期饮食有关，过度食用辛辣食物，会引起撒尿时尿道出现轻度刺痛感，通过大量饮水、增加排尿可缓解症状。
二、病理性原因
1.前列腺炎、尿道炎：由病原体微生物感染引发，患者会有尿频、尿急、尿道灼痛等情况，进而导致排尿不畅、撒尿时尿道刺痛，严重者甚至会发热。出现症状时要进行前列腺液检查、血常规、尿常规、彩超等相关检查以明确诊断。可在医生指导下口服抗生素药物如阿莫西林、头孢他啶、左氟氧沙星等进行治疗。同时患者还需改变不良生活方式和习惯，如戒烟戒酒、避免久坐、避免憋尿等。
2.尿道结石：可能因结石刮伤尿道而导致撒尿时尿道刺痛。有症状时可到泌尿科进行B超、CT等检查确诊，并根据结石所在位置、大小、形状进行排石治疗。饮食上要避免食用含草酸的食物如菠菜、芹菜等。要多喝水、少憋尿，并增加活动量。
总之，早上起来撒尿时尿道刺痛要明确具体原因，根据不同情况采取相应的治疗措施。同时，要注意生活中的相关事项，以促进恢复和预防再次发生。