小孩肛门疼可能由多种原因引起，比如常见的肠道寄生虫感染，像蛔虫、蛲虫等，其中蛲虫感染较为多见，尤其在5 - 10岁儿童中易发生。
肠道寄生虫感染
蛲虫感染： 蛲虫通常在夜间爬出肛门产卵，会刺激肛门周围皮肤，导致小孩肛门剧烈瘙痒疼痛，还可能伴有睡眠不安等表现。蛔虫感染： 蛔虫寄生在肠道，若数量较多或发生异位移行，也可能引起肛门周围不适疼痛。
肛周局部炎症
尿布皮炎： 小孩长时间使用不透气的尿布，或者 diaper更换不及时，尿液、粪便刺激肛周皮肤，容易引发尿布皮炎，出现肛门周围发红、疼痛，严重时可能有糜烂。肛周炎： 不注意肛周清洁，细菌滋生可导致肛周炎，表现为肛门周围皮肤红肿、疼痛，可能伴有分泌物。
外伤因素
异物损伤： 小孩玩耍时将小物件塞入肛门，可能造成肛门局部黏膜损伤，引起疼痛，还可能有出血等情况。过度擦拭： 小孩排便后过度用力擦拭肛门，也可能损伤肛周皮肤，导致疼痛。
其他原因
便秘： 小孩如果经常便秘，大便干结粗硬，排便时容易撑破肛门周围皮肤，引起肛门疼痛，还可能伴有便血。过敏反应： 小孩对某些食物、纸尿裤材质等过敏，也可能出现肛门周围皮肤瘙痒、疼痛等过敏症状。