小孩肛门痛可能由多种原因引起，比如常见的肠道寄生虫感染，像蛔虫、蛲虫等感染肠道后，可能会导致肛门周围不适、疼痛，其中蛲虫常在夜间爬出肛门产卵，会使肛门奇痒，孩子搔抓后可能引起疼痛，这种情况在儿童群体中较为常见。
肠道寄生虫感染导致
蛲虫感染： 蛲虫一般在夜间活动，会爬出肛门产卵，从而刺激肛门周围皮肤，引起瘙痒，孩子搔抓后就可能出现肛门痛。通常多见于5 - 9岁儿童，女孩相对男孩更易感染。蛔虫感染： 蛔虫在肠道内寄生，当蛔虫数量较多或活动异常时，可能会影响肠道正常功能，也可能导致肛门周围有轻微不适或疼痛。
局部皮肤问题引发
尿布皮炎： 如果小孩使用的尿布不透气，或者更换不及时，尿液、粪便长时间刺激肛门周围皮肤，就容易引发尿布皮炎，出现红肿、疼痛等症状。尤其是在炎热的天气里，这种情况更易发生。肛周湿疹： 肛周皮肤潮湿、过敏等因素可能导致肛周湿疹，表现为肛门周围皮肤红斑、丘疹、瘙痒，搔抓后可能出现疼痛。孩子如果本身是过敏体质，更容易出现肛周湿疹。
肛肠疾病导致
肛裂： 小孩如果大便干结，排便时过于用力，可能会撑裂肛管皮肤，引起肛裂，出现肛门疼痛，通常还伴有便血。比如有些孩子平时蔬菜、水果摄入少，大便容易干结，就容易发生肛裂。肛瘘： 虽然相对少见，但也可能导致小孩肛门痛。肛瘘是肛管或直肠与肛周皮肤相通的肉芽肿性管道，一般是由肛周脓肿破溃后形成，会有反复的肛周流脓、肿痛等表现。