小孩肛门疼痛可能由多种原因引起，比如常见的便秘，当小孩大便干结、粗硬时，排便过程中可能会擦伤肛门，导致疼痛，这种情况在儿童中较为多见。
一、肛周局部感染因素
肛周脓肿： 多是细菌感染引起的，小孩肛门周围会出现红肿、疼痛，触摸时能感觉到硬块，一般在1-2天内肿胀可能会明显加重，还可能伴有发热等症状。肛窦炎： 肛窦受细菌感染发炎，会引起肛门坠胀、疼痛，小孩可能会频繁想排便，但又排不出多少。
二、寄生虫感染因素
蛲虫感染： 尤其是夜间，蛲虫会爬到肛门周围产卵，刺激肛门皮肤，导致肛门剧烈瘙痒、疼痛，小孩可能会因为瘙痒难忍而哭闹不安，这种情况在5-9岁儿童中相对常见，夜间观察肛门周围可能会发现白色细小的蛲虫。
三、外伤因素
异物损伤： 小孩玩耍时可能将小物件塞入肛门，造成肛门黏膜损伤，从而引起疼痛，有的小孩可能会说有异物感且疼痛。擦伤： 比如小孩腹泻时，频繁擦拭肛门，导致肛门皮肤擦伤，也会引起疼痛。
四、过敏因素
接触性过敏： 小孩使用了不合适的纸尿裤、湿巾等，可能对其中的某些成分过敏，引起肛门周围皮肤过敏反应，出现疼痛、瘙痒、皮疹等症状。