习惯性腹泻是指反复发生、持续时间较长的腹泻情况，其形成原因较为复杂，可能与多种因素相关。比如，约有20% - 30%的习惯性腹泻与肠道功能紊乱有关。
肠道功能紊乱方面
肠道菌群失调： 正常情况下，人体肠道内有多种菌群维持平衡。当某些因素如长期使用抗生素、饮食不规律等导致肠道菌群失调时，有益菌数量减少，有害菌增多，就可能引发习惯性腹泻。例如，长期大量使用广谱抗生素后，肠道内原本的菌群平衡被打破，一些条件致病菌大量繁殖，从而影响肠道的正常消化和吸收功能，出现腹泻症状。肠易激综合征： 这是一种常见的功能性肠病，约有一半左右的患者会表现为习惯性腹泻。其发生与胃肠动力异常、内脏高敏感性以及精神心理因素等有关。比如，精神紧张、焦虑、压力过大等情绪问题可能会通过神经 - 内分泌系统影响肠道的运动和分泌功能，导致腹泻反复出现。
消化系统疾病方面
慢性胰腺炎： 胰腺分泌的胰液含有多种消化酶，对食物的消化至关重要。如果患有慢性胰腺炎，胰腺分泌消化酶的功能受到影响，食物的消化和吸收就会出现障碍，进而引发习惯性腹泻。一般来说，慢性胰腺炎患者的粪便中可能会含有未完全消化的脂肪等物质，表现为腹泻，而且这种腹泻往往会反复发生。甲状腺功能亢进： 甲状腺激素可以促进机体的新陈代谢。当发生甲状腺功能亢进时，机体代谢加快，肠道蠕动也会相应增快，从而导致腹泻，这种腹泻可能会呈现习惯性的特点。研究发现，约有部分甲状腺功能亢进患者会出现肠道功能紊乱，表现为腹泻，且病情控制不佳时腹泻会反复出现。
其他因素方面
食物不耐受： 有些人可能对特定食物不耐受，比如乳糖不耐受。体内缺乏乳糖酶的人，饮用牛奶后，牛奶中的乳糖不能被充分消化吸收，在肠道内被细菌分解发酵，产生气体和酸性物质，刺激肠道蠕动加快，导致腹泻，而且这种不耐受可能会使腹泻反复发生，形成习惯性腹泻。遗传因素： 部分习惯性腹泻可能与遗传有关。如果家族中有成员患有与腹泻相关的遗传性肠道疾病，那么其他家族成员患习惯性腹泻的风险可能会增加。虽然具体的遗传机制还在研究中，但遗传因素在习惯性腹泻的形成中起到一定作用。