大便时肛门疼痛可能由以下原因引起：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，多由便秘引起，典型症状为肛门疼痛、便血和便秘。肛门检查时可发现肛裂“三联征”，即肛裂、前哨痔和肛乳头肥大。
2.外痔：肛缘皮肤皱襞突起，如水泡样，颜色青紫色，便后或久坐后肛门肿胀、疼痛。
3.内痔：通常无明显疼痛，当内痔或混合痔脱出嵌顿，出现水肿、感染、坏死时，可导致肛门疼痛。
4.肛管及周围炎症：如肛窦炎、肛周脓肿、肛瘘等，也可引起肛门疼痛。
5.肛门异物损伤：如鱼刺、鸡骨等异物，可损伤肛管及肛门皮肤，引起疼痛。
6.肛管或直肠肿瘤：肛管及直肠的良恶性肿瘤，可导致肛门疼痛，伴有大便习惯改变、大便性状改变、便血等症状。
如果大便时肛门疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如便血、肿物脱出、大便习惯改变等，建议及时就医，明确诊断，以便进行针对性治疗。同时，保持肛门局部清洁，避免食用辛辣刺激性食物，预防便秘，对缓解症状也有一定帮助。