大便的时候肛门疼可能是由以下原因引起的：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，是一种常见的肛管疾病。典型表现为肛门疼痛、便秘和出血。肛门视诊可发现肛裂“三联征”，即肛裂、前哨痔和肛乳头肥大。
2.外痔：肛缘皮肤皱襞突起，如水泡样，颜色青紫，便后可因肛门括约肌收缩而引起剧烈疼痛。
3.内痔：通常无疼痛，但内痔或混合痔脱出嵌顿，出现水肿、感染、坏死时，也会导致肛门疼痛。
4.肛管及肛门周围炎症：如肛窦炎、肛乳头炎、肛周脓肿、肛瘘等，也会引起肛门疼痛。
5.肛门直肠神经官能症：因精神因素引起的肛门疼痛，患者肛门部并无任何器质性病变，疼痛常与排便无关或便后立即消失。
6.其他：如恶性肿瘤、直肠肛管损伤、缺血性肠病等，也可引起肛门疼痛。
如果出现大便时肛门疼的症状，建议及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。同时，要注意保持肛门局部清洁，避免食用辛辣刺激性食物，养成良好的排便习惯。