三个月大的宝宝睡觉摇头的原因主要有佝偻病和头部湿疹。
以下是具体的原因及解决方法：
一、佝偻病：
1.这是由于儿童在成长过程中身体缺乏维生素D，导致体内钙、磷元素代谢紊乱，骨组织会出现畸形和软化现象。而儿童在快速生长时期尤其容易发生这种疾病，进而会引起三个月大的宝宝睡觉摇头。
2.解决方法：
(1)坚持进行母乳喂养。
(2)在医生的指导下，每天口服维生素D，必要时可同时服用钙剂。
(3)适当多晒太阳。
二、头部湿疹：
1.头皮湿疹是一种具有明显渗出的典型过敏性湿疹疾病，主要表现为头皮有剧烈瘙痒、脱屑等不适症状，而且抓破后会继发感染，进而可能出现糜烂、渗出液，这也可能致使三个月大的宝宝睡觉摇头。
2.解决方法：在医生指导下使用湿疹软膏进行治疗，由于宝宝年龄较小，一般不建议口服药物。
总之，当发现三个月大的宝宝睡觉摇头时，要注意排查是否是佝偻病或头部湿疹等原因引起，并根据具体情况采取相应的解决措施。