咽喉囊肿的形成原因较多，其中先天性因素是常见原因之一。胚胎发育时期，咽囊导管残留上皮增生，分泌物潴留可形成先天性咽喉囊肿，这类囊肿多在婴幼儿时期就可能出现相关表现。
先天性因素相关
咽囊发育异常： 在胚胎发育到一定阶段时，咽囊的正常发育过程出现偏差，导致导管内的上皮细胞不断增生，使得分泌物积聚，进而形成囊肿。比如第三、第四咽囊发育过程中若出现异常，就可能引发咽喉部位的囊肿问题。鳃裂残余： 胚胎时期鳃裂的残余组织在咽部发展，这些残余组织有可能逐渐形成囊肿。鳃裂残余形成的咽喉囊肿位置和形态可能因鳃裂来源不同而有所差异。
后天性因素相关
炎症刺激： 长期的咽喉部炎症会反复刺激咽喉部的黏膜组织，使得黏膜腺管阻塞，分泌物淤积，从而形成囊肿。例如慢性咽炎患者，如果炎症持续存在且没有得到有效控制，就有可能增加咽喉囊肿的发生风险。一般来说，炎症持续3个月以上就可能对黏膜腺管产生较明显的影响。创伤因素： 咽喉部受到外伤，如物理性的外力撞击、手术操作等，可能导致咽喉部的腺管受损，分泌物排出不畅，进而形成囊肿。比如咽喉部位进行过手术的患者，术后如果腺管恢复不良，就有出现囊肿的可能。
其他因素相关
喉部黏液腺管阻塞： 喉部的黏液腺管如果发生阻塞，腺体内的黏液无法正常排出，就会逐渐积聚形成囊肿。这种阻塞可能是由于感染、异物等多种原因引起。例如喉部被小的异物短暂阻塞后，可能影响黏液腺管的通畅，时间一长就可能导致囊肿形成。退行性变： 随着年龄的增长，咽喉部组织可能出现退行性变化，黏膜腺管的功能也会随之改变，容易发生阻塞，从而引发囊肿。一般40岁以上人群相对更易出现因退行性变导致的咽喉囊肿问题，因为随着年龄增加，组织的退行性改变发生率会有所上升。