咽喉囊肿的原因主要包括以下几点：
1.炎症刺激：咽喉部的急慢性炎症可导致局部黏膜充血、水肿，分泌物增多，进而形成囊肿。例如，慢性扁桃体炎、咽炎等疾病长期反复发作，可能会使扁桃体隐窝口堵塞，分泌物引流不畅，导致扁桃体表面出现潴留性囊肿。
2.机械损伤：咽喉部受到机械性损伤，如鱼刺、骨头等异物的刺伤，或剧烈咳嗽、呕吐等，可导致黏膜下腺体破裂，分泌物潴留，形成囊肿。
3.内分泌紊乱：某些内分泌系统疾病，如甲状腺功能减退等，可能导致喉部黏液性水肿，进而形成囊肿。
4.变态反应：过敏反应可引起喉部黏膜的变态反应性炎症，导致局部组织水肿，形成囊肿。
5.病毒感染：喉部的病毒感染，如疱疹病毒感染，可导致喉部黏膜细胞增生，形成囊肿。
6.其他因素：长期吸烟、饮酒等不良生活习惯，或接触有害气体、粉尘等环境因素，也可能增加咽喉囊肿的发病风险。
需要注意的是，具体的发病原因可能因人而异。对于已经出现咽喉囊肿的患者，应及时就医，进行详细的检查和诊断，并在医生的指导下进行治疗。同时，保持良好的生活习惯，如戒烟限酒、避免过度用嗓等，有助于预防咽喉囊肿的发生。