咽喉囊肿的形成原因较多，一般认为可能与先天性发育异常、喉部慢性炎症刺激、创伤等因素有关。比如先天性发育异常可能在胚胎时期就埋下隐患；喉部长期受到炎症刺激，黏膜上皮生长异常，也可能逐渐形成囊肿；喉部受到外力创伤后，组织修复过程中也可能出现囊肿。
一、先天性发育异常相关
胚胎发育阶段问题： 在胚胎发育过程中，部分组织的分化异常可能导致咽喉囊肿的出现。例如，咽鳃囊发育异常时，就有可能形成咽喉部位的囊肿。这种先天性的发育异常往往从出生前就已存在，但可能在成长到一定阶段后才会被发现。遗传因素关联： 虽然目前关于咽喉囊肿与遗传直接关联的具体研究数据还不是非常充分，但有研究提示，某些遗传因素可能会增加胚胎发育过程中出现异常，进而引发咽喉囊肿的风险。不过，具体的遗传模式还需要更多深入研究来明确。
二、喉部慢性炎症刺激导致
长期炎症反复刺激： 当喉部长期受到慢性炎症的刺激时，比如慢性喉炎，炎症会不断刺激喉部的黏膜组织。黏膜组织在长期的炎症刺激下，上皮细胞会出现异常增生、分泌功能紊乱等情况。例如，炎症导致黏膜下的腺体导管阻塞，腺体分泌物潴留，就容易逐渐形成囊肿。这种情况在长期用声过度、长期处于污染环境中或者本身有鼻腔、鼻窦慢性炎症累及喉部的人群中较为常见。炎症类型与囊肿形成： 不同类型的喉部慢性炎症对咽喉囊肿形成的影响有所不同。比如反流性咽喉炎，胃酸反流刺激喉部黏膜，会使喉部黏膜反复受损、修复，进而增加囊肿形成的概率。而细菌感染引起的慢性喉炎，炎症持续存在也会对喉部组织产生不良影响，促进囊肿的形成。
三、创伤因素引发
外力创伤影响： 喉部受到外力创伤，如颈部受到撞击、剧烈咳嗽导致喉部组织受伤等，受伤后的喉部组织在修复过程中可能出现异常。例如，创伤导致局部组织出血、水肿，后续修复时如果组织修复不均衡，就可能形成囊肿。比如有人在运动中颈部受到撞击，之后就发现出现了咽喉囊肿。医源性创伤： 在一些喉部相关的医疗操作过程中，也可能导致咽喉囊肿的形成。比如喉镜检查等操作，如果操作不当，可能会造成喉部黏膜的轻微损伤，在修复过程中出现组织异常增生，从而形成囊肿。不过这种医源性创伤导致的咽喉囊肿相对较少见，但也是需要关注的一个因素。