男的上小便时痛可能源于尿道炎、尿道结石、膀胱炎。
一、尿道炎：其产生常和细菌感染紧密相关，像金黄色葡萄球菌、绿脓杆菌等。当尿液中细菌增多，就会对尿道部位形成刺激，从而导致排小便时疼痛现象的出现。
二、尿道结石：男性若患有尿道结石，在排尿时结石位置会移动，可能划伤尿道上皮，进而引发小便疼痛，还可能伴有血尿情况。
三、膀胱炎：多由细菌感染引起，会使排尿时出现疼痛，还可能伴有排尿烧灼感。
此外，小便疼痛还可能和尿道损伤、尿道异物、肾盂肾炎等因素有关，这都需要进一步检查和治疗。
总之，男性小便时疼痛有多种可能原因，若出现这种情况应及时就医检查，以便明确原因并进行针对性治疗。