12岁男孩小便会疼，可能由尿道损伤、尿道炎、包皮龟头炎、尿道结石等因素导致，常出现排尿疼痛且伴有其他异常表现。这种情况需及时带患儿就医检查并控制病情发展，防止病变加重。
一、尿道损伤：12岁男孩处于活泼好动时期，若日常打闹中下体遭受外力撞击，可致使尿道局部受损。排尿时，受损部位受尿液刺激就会引起小便疼痛，可能还伴有轻度出血和肿胀现象。
二、尿道炎：男孩平日不注重下体护理，易引发病原体感染而导致尿道炎。炎性物质刺激会使尿道局部充血糜烂，排尿时会出现疼痛，同时伴有尿频、尿急症状，严重时可见肉眼血尿。
三、包皮龟头炎：若男孩存在包皮过长或包茎，日常清洁不到位，导致细菌、真菌等感染，诱发包皮龟头炎。炎性物质分泌可能刺激尿道口致其局部受损，进而引起排尿疼痛，尿道口可能还存在瘙痒、肿胀、发红等情况。
四、尿道结石：多继发于膀胱结石，结石卡在尿道中，排尿时结石移动会导致周围受损，从而引起剧烈的排尿疼痛，还可能伴有排尿困难、尿频等表现。
总之，12岁男孩小便疼痛的原因多样，一旦出现这种情况要尽快就医诊断和治疗，以便明确具体原因并采取针对性措施，避免病情的进一步恶化。