孕三月肚子隐隐作痛腰疼可能由多种原因引起，一般来说，怀孕后子宫增大，韧带受牵拉等可能导致这种情况，但也需警惕异常情况。比如，约有部分孕妇在孕早期会出现生理性的腹部隐痛和腰部不适，但也不能排除先兆流产等问题。
生理性原因及表现
子宫增大牵拉：怀孕3个月时，子宫逐渐增大，会牵拉周围的韧带，可能引起肚子隐隐作痛，这种疼痛一般比较轻微，部位不固定。同时，子宫增大也可能会对腰部的肌肉等产生一定影响，导致腰疼，通常这种疼痛不会很剧烈，休息后可能会有所缓解。激素变化影响：怀孕后体内激素水平发生变化，会使骨盆韧带松弛等，也可能导致腰部不适以及腹部轻微的牵扯痛，这是孕期常见的生理性变化。
需警惕的病理性原因
先兆流产：如果肚子隐隐作痛伴有阴道流血，或者腰疼逐渐加重，就要警惕先兆流产。此时需要及时就医，进行相关检查，如超声检查看胚胎情况等。一般超声检查可以看到孕囊、胎芽等发育情况。宫外孕：虽然孕三月宫外孕相对少见，但也不能完全排除。宫外孕也可能出现腹痛、腰疼，还可能伴有不规则阴道流血等症状，需要通过超声等检查来鉴别诊断。
应对措施及注意事项
注意休息：孕妇要适当休息，避免过度劳累。一般建议休息时采取舒适的体位，比如侧卧位等，减轻子宫对韧带的牵拉。及时就医检查：当出现肚子隐隐作痛腰疼时，要密切关注症状变化。如果疼痛持续不缓解或者加重，或者伴有其他异常症状如阴道流血等，应立即前往医院就诊。医生会通过详细的检查来明确原因，比如进行妇科检查、超声检查等。如果是生理性原因引起的，一般通过休息等可缓解；如果是病理性原因，会根据具体情况进行相应的处理。