孕三个月肚子隐隐作痛可能是正常的生理现象，也可能是某些疾病的表现。需要注意的是，如果疼痛持续加重或伴有其他不适症状，应及时就医。具体分析如下：
1.子宫增大：怀孕三个月时，子宫逐渐增大，可能会牵拉周围的韧带，引起肚子隐隐作痛。这种疼痛通常是轻微的，而且是阵发性的，休息后可以缓解。
2.激素变化：怀孕后，女性体内的激素水平会发生变化，这也可能导致肚子隐隐作痛。
3.消化不良：怀孕后，孕妇的胃肠道功能可能会受到影响，容易出现消化不良、胃胀等症状，从而引起肚子隐隐作痛。
4.先兆流产：如果肚子隐隐作痛的同时，还伴有阴道出血、腰酸等症状，可能是先兆流产的表现。需要及时就医，进行保胎治疗。
5.其他疾病：如胃炎、胃溃疡、阑尾炎等，也可能引起肚子隐隐作痛。但这些疾病通常还会伴有其他症状，如恶心、呕吐、发热等。
总之，怀孕三个月肚子隐隐作痛可能是正常的，也可能是异常的。如果疼痛持续时间较长、程度较重，或伴有其他不适症状，应及时就医，以便明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇在孕期应注意休息，避免过度劳累，保持良好的心态，合理饮食，定期产检。