怀孕三个月肚子隐隐作痛，可能是生理反应，如子宫增大压迫、孕中期子宫轻微收缩等；也可能是病理现象，如先兆流产、阑尾炎等，需根据具体情况采取相应措施，如观察、用药、手术等。
一、生理反应：
1.怀孕期间子宫明显增大，会对盆腔组织造成压迫，使得神经受刺激而出现轻微疼痛。
2.进入孕中期后，子宫会有轻微收缩，在活动或劳累时就会引发疼痛。这些生理反应一般通过多休息就能自然缓解。
二、病理现象：
1.先兆流产：若疼痛较为严重甚至伴有阴道出血，可能是先兆流产。此时应及时去医院进行B超等相关检查。若确定是这种情况，需遵医嘱使用药物保胎，如黄体酮胶囊、地屈孕酮片、保胎丸等。
2.阑尾炎：因阑尾发炎引起的腹痛，通常表现为右下腹疼痛，部分还会伴有发热。若症状较轻可采用保守治疗，遵医嘱应用头孢克肟片、阿莫西林胶囊等药物；若较为严重则需要手术切除阑尾。
此外，还有可能是其他原因，如肠梗阻，可通过胃肠减压来改善症状。
总之，怀孕三个月肚子隐痛的原因多样，要仔细分辨并采取合适的应对方法。