睡醒后腰两侧疼，可能与以下原因有关：
1.床垫不合适：床垫过软或过硬，都可能导致腰部支撑不足，引起疼痛。建议选择硬度适中、贴合身体曲线的床垫。
2.腰部肌肉劳损：长时间保持同一姿势、过度劳累或运动不当，都可能导致腰部肌肉劳损，引起疼痛。可以通过热敷、按摩等方式缓解。
3.泌尿系统感染：如肾盂肾炎、膀胱炎等，炎症刺激可导致腰部疼痛，还可能伴有尿频、尿急、尿痛等症状。需要就医，进行抗感染治疗。
4.腰椎间盘突出：随着年龄增长或长期劳损，椎间盘可能会退变，突出的椎间盘可能压迫神经根，引起腰部疼痛，还可能伴有下肢麻木、无力等症状。需要就医，进行牵引、理疗或手术治疗。
5.强直性脊柱炎：属于自身免疫性疾病，可侵犯脊柱及外周关节，导致腰部疼痛，夜间或晨起时疼痛明显，活动后可缓解。需要就医，进行药物治疗、物理治疗或手术治疗。
如果睡醒后腰两侧疼的症状持续不缓解或加重，建议及时就医，明确病因，进行针对性治疗。同时，日常生活中要注意保持良好的姿势，避免过度劳累，适当进行体育锻炼。