乳腺导管扩张症的病因目前尚未完全明确，一般认为可能与多种因素有关。目前研究发现，乳腺导管扩张症的发生可能和以下几方面因素相关。
导管排泄障碍
乳头、乳晕部位的先天性发育异常： 比如乳头有畸形、凹陷等情况，这会导致乳腺导管开口堵塞，使得导管内分泌物排出不畅，进而引起导管扩张。据统计，约有1/5的患者存在乳头内陷等先天性乳头发育问题。乳腺导管本身的病变： 乳腺导管发生炎症、纤维化等病变时，也会影响导管的正常排泄功能，从而引发导管扩张。例如，乳腺导管的慢性炎症会使导管壁增厚、管腔变窄，影响分泌物排出。
激素水平异常
雌激素水平相对升高： 女性体内雌激素水平如果出现异常升高的情况，可能会刺激乳腺导管上皮细胞增生，导致导管扩张。在一些青春期发育阶段或者月经周期紊乱的女性中，就可能出现这种雌激素水平波动，增加乳腺导管扩张症的发病风险。孕激素水平相对不足： 孕激素对乳腺组织有一定的保护和调节作用，如果孕激素水平相对不足，不能很好地协调乳腺导管的生理功能，也可能促使乳腺导管扩张症的发生。比如围绝经期女性，孕激素分泌减少，就容易出现相关问题。
感染因素
细菌感染： 当乳腺导管受到细菌感染时，细菌会在导管内繁殖，引起导管周围的炎症反应，进而导致导管扩张。常见的细菌如金黄色葡萄球菌等，一旦感染乳腺导管，就可能引发一系列病理变化。有研究表明，约30%的乳腺导管扩张症患者在病变部位可以检测到细菌感染的迹象。其他病原体感染： 除了细菌，一些病毒等病原体感染也可能与乳腺导管扩张症的发生有一定关联，但相对细菌感染来说，其作用机制还不是非常明确，不过也是病因探讨的一个方向。