乳腺导管扩张症的病因目前尚未完全明确，可能与多种因素相关。一般认为，乳腺导管排泄障碍是重要因素之一，约有1/3的患者是因导管内分泌物积聚导致导管扩张。另外，异常激素刺激也可能引发该病，体内雌激素、孕激素比例失调等情况可能促使乳腺导管扩张症发生。还有一种观点认为，微生物感染也可能参与其中，比如一些细菌等微生物感染乳腺导管后，可能引起炎症反应，进而导致导管扩张。
导管排泄障碍方面
乳头发育异常： 乳头内陷、乳头分裂等乳头发育异常情况较为常见，据统计，约有相当比例的乳腺导管扩张症患者存在乳头发育异常问题，这些异常会阻碍导管内分泌物排出，使得分泌物在导管内积聚，逐渐引起导管扩张。乳腺导管上皮增生： 乳腺导管上皮过度增生会使导管狭窄，影响分泌物正常排出，长期如此就容易引发乳腺导管扩张症。比如一些女性由于内分泌波动等原因，导致导管上皮增生，进而出现相关症状。
激素刺激方面
雌激素水平相对过高： 当体内雌激素水平相对过高时，会刺激乳腺导管过度增生、扩张。例如在月经周期中，雌激素水平有波动，部分女性雌激素波动较大时，就可能增加患乳腺导管扩张症的风险。孕激素水平不足： 孕激素对乳腺导管有一定的维持稳定作用，如果孕激素水平不足，就无法很好地对抗雌激素的作用，使得乳腺导管容易出现扩张等异常情况。像一些内分泌失调的女性，可能存在孕激素水平不足的情况。
微生物感染方面
细菌感染： 常见的葡萄球菌、链球菌等细菌感染乳腺导管后，会引起导管周围的炎症反应。炎症会导致导管壁受损、粘连，影响导管的正常通畅性，从而促使导管扩张。比如当乳腺导管受到细菌入侵，引发局部炎症，就可能逐步发展为乳腺导管扩张症。其他微生物感染： 除了细菌，一些病毒等微生物感染也可能与乳腺导管扩张症的发生有关，但相对细菌感染来说，其具体关联机制还在进一步研究中，但不可忽视微生物感染在其中可能起到的作用。