软疣主要通过局部治疗来去除，一般7~10天左右能有明显改善。
局部治疗方法一：夹除
用镊子夹除： 医生会用消毒后的镊子将软疣小体逐个夹破，挤出内容物，然后外涂碘酊等防止感染。这种方法比较直接，操作时要注意无菌操作，避免引发感染。儿童操作注意： 对于儿童患者，夹除时可能会比较配合困难，需要家长安抚好孩子，尽量让操作顺利进行，夹除后要密切观察局部皮肤情况。
局部治疗方法二：刮除
刮匙刮除： 也可以使用刮匙将软疣刮除，然后同样外涂消毒液。刮除时要掌握好力度，避免刮伤周围正常皮肤。特殊部位处理： 如果软疣长在眼部等特殊部位，刮除时要格外小心，最好由经验丰富的医生操作，防止损伤眼部组织。
局部治疗方法三：药物治疗
水杨酸制剂： 可以在医生指导下外用水杨酸制剂，它能促使疣体脱落。但要注意按照医嘱使用，避免接触到周围正常皮肤。儿童用药注意： 儿童使用水杨酸制剂时，家长要严格按照医生调配的浓度等使用，因为儿童皮肤比较娇嫩，防止药物刺激引起不适。
物理治疗方法
液氮冷冻： 利用低温使软疣组织坏死脱落。一般需要多次治疗，间隔时间约2~3周。冷冻后局部会出现水疱等反应，要保持局部清洁干燥，避免沾水感染。孕妇及特殊人群： 孕妇如果需要做液氮冷冻治疗，要提前告知医生自身情况，由医生评估是否适合进行该治疗，因为孕期特殊，要考虑对胎儿的影响。激光治疗： 激光可以直接烧灼软疣，使其去除。治疗后局部会有创面，要注意护理，避免感染，创面愈合前不要碰水等。免疫功能低下者： 免疫功能低下的患者进行激光治疗后，要更注意预防感染，可能需要延长创面护理时间，并且要积极治疗基础疾病，提高自身免疫力。