多囊卵巢综合征的病因目前还不完全明确，可能与遗传因素和环境因素共同作用有关。据研究，遗传因素占比较大，约60%~70%的患者存在遗传易感性。
遗传因素方面
家族遗传倾向： 如果家族中有亲属患有多囊卵巢综合征，那么女性成员患病的风险会相对较高。比如母亲患有多囊卵巢综合征，其女儿患病的概率比正常人群要高出很多。研究发现，该病存在一定的遗传模式，可能是多基因遗传。
内分泌因素影响
下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴调节功能异常： 下丘脑分泌的促性腺激素释放激素调节垂体分泌促性腺激素，进而影响卵巢的功能。当这个轴的调节出现紊乱时，垂体分泌的促黄体生成素（LH）相对增多，促卵泡生成素（FSH）相对减少，LH/FSH比值升高，这会影响卵巢的排卵功能，导致卵泡发育异常，不能正常排卵，进而引发多囊卵巢综合征。胰岛素抵抗与高胰岛素血症： 约50%~70%的多囊卵巢综合征患者存在胰岛素抵抗。胰岛素抵抗是指机体对胰岛素的敏感性降低，为了维持正常的血糖水平，胰腺会分泌更多的胰岛素，导致高胰岛素血症。高胰岛素血症会刺激卵巢分泌过多的雄激素，进一步干扰卵巢的正常排卵，加重多囊卵巢综合征的症状。
生活方式相关因素
肥胖因素： 体重超重或肥胖的人群患多囊卵巢综合征的风险更高。一般来说，体重指数（BMI）≥25的人群患病几率比BMI正常（18.5~23.9）的人群高。肥胖会通过影响内分泌代谢，加重胰岛素抵抗等情况，从而增加多囊卵巢综合征的发生风险。长期精神压力大： 长期处于高压力状态下，会影响神经内分泌功能，导致下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的调节紊乱，也可能增加多囊卵巢综合征的发病几率。比如一些长期从事高强度工作、精神高度紧张的人群，患病风险相对有所升高。