多囊卵巢综合征的发病原因目前尚未完全明确，一般认为是遗传与环境因素相互作用所致。有研究显示，约60% - 70%的多囊卵巢综合征患者存在遗传易感性。
遗传因素方面
家族遗传倾向：如果家族中有亲属患有多囊卵巢综合征，那么女性患该病的风险会增加。例如，母亲患有多囊卵巢综合征，其女儿患病的概率比正常人群高出数倍。这种遗传倾向可能与某些特定基因的突变或变异有关，这些基因会影响激素的分泌和代谢等过程。
内分泌失调方面
下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴调节功能异常：正常情况下，下丘脑分泌促性腺激素释放激素，刺激垂体分泌促卵泡生成素（FSH）和促黄体生成素（LH），LH与FSH的比例失衡是多囊卵巢综合征的一个重要特征。当这个比例失常时，会导致卵巢内卵泡发育异常，不能正常排卵，进而引起雄激素水平升高，出现多毛、痤疮等症状，同时还会影响子宫内膜的正常生长，导致月经不调等问题。胰岛素抵抗：约50% - 70%的多囊卵巢综合征患者存在胰岛素抵抗现象。胰岛素抵抗会使身体对胰岛素的敏感性降低，胰腺需要分泌更多的胰岛素来维持正常的血糖水平，而过高的胰岛素水平又会刺激卵巢分泌过多的雄激素，进一步加重多囊卵巢综合征的症状，还可能导致肥胖等问题，形成一个恶性循环。
生活方式因素方面
饮食不规律：长期高热量、高脂肪、高糖的饮食，会使身体处于代谢紊乱的状态，容易引发肥胖，而肥胖又是多囊卵巢综合征的一个重要诱发因素。例如，经常食用油炸食品、甜食等，会导致体内脂肪堆积，影响激素的正常代谢。缺乏运动：运动量过少会使身体的新陈代谢减慢，脂肪更容易堆积，同时也会影响内分泌系统的正常功能。研究表明，长期缺乏运动的人群患多囊卵巢综合征的风险比经常运动的人群要高。比如，每周运动时间少于150分钟的人，患病几率相对较高。