戒烟后咳嗽通常是身体在进行自我修复的一种表现，一般会持续数周甚至数月。比如，有研究发现约70%戒烟者会经历咳嗽等戒断反应。
呼吸道纤毛恢复功能导致的咳嗽
呼吸道纤毛清理作用： 烟草中的有害物质会损害呼吸道的纤毛，纤毛的主要作用是清扫呼吸道内的异物、黏液等。戒烟后，受损的纤毛开始恢复功能，它们会加速摆动，将呼吸道内积攒的异物、黏液等往外推送，这个过程就可能引发咳嗽。一般这种情况会持续2 - 12周左右。黏液排出刺激： 随着纤毛功能恢复，呼吸道内积攒的黏液会被不断推送至咽喉部位，从而刺激咽喉引发咳嗽，以便将这些黏液排出体外。
神经调节改变引起的咳嗽
神经末梢敏感性变化： 长期吸烟会使呼吸道的神经末梢处于一种被刺激的状态，敏感性增高。戒烟后，这种异常的神经调节开始恢复正常，神经末梢的敏感性会发生改变，变得相对敏感，当呼吸道受到一些轻微刺激（比如冷空气、异味等）时，就容易引发咳嗽。例如，戒烟者在接触到冷空气时，咳嗽可能会加重。迷走神经调节调整： 吸烟会影响迷走神经的正常调节，戒烟后迷走神经需要重新调整适应，在这个过程中可能会导致呼吸道的反应性增加，进而引起咳嗽。
炎症反应消退导致的咳嗽
肺部炎症消退过程： 吸烟会导致肺部出现炎症反应，比如气道炎症、肺泡炎症等。戒烟后，身体开始启动修复机制，炎症逐渐消退。在炎症消退的过程中，身体会通过咳嗽来清除炎症部位的一些残留物质，像炎性分泌物等，从而引发咳嗽。这个炎症消退相关的咳嗽可能会持续数周时间。气道黏膜修复刺激： 吸烟损伤了气道黏膜，戒烟后气道黏膜开始修复，在修复过程中，新生的组织等可能会刺激呼吸道，导致咳嗽产生。例如，气道黏膜在修复时，细胞的生长、更新等活动可能会对周围的神经等产生刺激，引发咳嗽反射。