治结肠炎并没有绝对最佳的药，需根据病情类型等选择。一般常用的药物有氨基水杨酸制剂、糖皮质激素、免疫抑制剂等。
氨基水杨酸制剂类
柳氮磺吡啶：是治疗轻、中度结肠炎的常用药物，它在肠道内分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸可抑制炎症反应。一般成人初始剂量每日2-3克，分3-4次服用。美沙拉嗪：也是氨基水杨酸制剂，有口服剂型和灌肠剂型。口服美沙拉嗪适用于轻、中度结肠炎，灌肠剂型则多用于左半结肠型结肠炎，直接作用于肠道病变部位，局部抗炎效果较好。
糖皮质激素类
泼尼松：对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中度、重度结肠炎患者可使用。通常开始剂量为每日40-60毫克，病情控制后逐渐减量。但长期使用可能会有一些副作用，如骨质疏松、感染风险增加等。氢化可的松：可用于重症结肠炎的静脉给药，能快速抗炎，但同样长期使用会有较多不良反应，需在医生严密监测下使用。
免疫抑制剂类
硫唑嘌呤：适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的慢性结肠炎患者。一般开始剂量为每日1-2.5毫克/千克体重，需注意可能出现骨髓抑制等不良反应，用药期间要定期监测血常规等指标。巯嘌呤：作用机制与硫唑嘌呤类似，也可用于结肠炎的治疗，使用时同样要关注血液系统等方面的不良反应。
生物制剂类
英夫利昔单抗：对于重度难治性结肠炎可能会用到生物制剂，英夫利昔单抗需静脉输注，能特异性结合肿瘤坏死因子-α，从而发挥抗炎作用，但使用前需评估感染等风险，且费用相对较高。