治结肠炎较有效的药物有氨基水杨酸制剂、糖皮质激素等。氨基水杨酸制剂中柳氮磺吡啶较为常用，约70%左右的轻、中度结肠炎患者使用后能改善症状。
氨基水杨酸制剂类
5-氨基水杨酸制剂：这类药物可抑制肠内前列腺素合成和炎症介质白三烯合成，从而减轻肠道炎症。常见的有美沙拉嗪，它能在肠道局部发挥作用，对轻、中度结肠炎有较好疗效。奥沙拉嗪：也是5-氨基水杨酸制剂，适用于轻至中度的溃疡性结肠炎，可抑制肠道炎症反应。
糖皮质激素
泼尼松：属于全身性应用的糖皮质激素，对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中度、重度结肠炎患者有较好的抗炎作用。一般开始剂量为每日40-60毫克，根据病情调整剂量。氢化可的松琥珀酸钠：可用于静脉滴注，适用于急性发作且病情较重的结肠炎患者，能快速减轻炎症反应，但长期使用可能有较多副作用。
免疫抑制剂
硫唑嘌呤：适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的慢性结肠炎患者，它可以抑制免疫反应。通常需要连续服用数月才能见效，且用药期间需定期监测血常规等指标。巯嘌呤：与硫唑嘌呤作用机制相似，可用于结肠炎的治疗，尤其适用于对其他药物疗效欠佳的患者，但使用时要注意其可能导致的骨髓抑制等不良反应。