晚上肛门奇痒可能由多种原因引起。比如，肠道寄生虫感染是常见原因之一，像蛲虫感染就较为典型，儿童感染蛲虫的概率相对较高。
寄生虫感染因素
蛲虫感染： 蛲虫通常在夜间爬出肛门产卵，从而引起肛门奇痒。儿童是蛲虫感染的高发人群，因为儿童卫生习惯相对较差，且喜欢用手接触肛门周围后又进食等。蛔虫等其他寄生虫： 蛔虫等肠道寄生虫也可能导致肛门瘙痒，不过一般不是夜间瘙痒最典型的原因，但也不能排除。
局部皮肤病变因素
肛周湿疹： 肛周皮肤长期处于潮湿环境等可能引发湿疹，导致晚上肛门奇痒。比如，肥胖人群由于肛周透气性差，更容易出现肛周湿疹。肛周皮肤真菌感染： 像念珠菌感染等，会引起肛周皮肤瘙痒，夜间症状可能更为明显。例如，长期使用抗生素的人，肠道菌群失调，容易继发肛周皮肤真菌感染。
全身性疾病因素
糖尿病： 糖尿病患者血糖控制不佳时，尿液中含糖量高，会刺激肛周皮肤，导致晚上肛门奇痒。据统计，约有一定比例的糖尿病患者会出现皮肤瘙痒的并发症，肛门周围皮肤瘙痒是其中一种表现。肝胆疾病： 如肝胆管阻塞等肝胆疾病，会使胆汁淤积，血液中胆盐含量升高，刺激神经末梢，引起皮肤瘙痒，肛门周围皮肤也可能受累，出现晚上奇痒的情况。
不良生活习惯因素
卫生习惯不佳： 不经常清洗肛门周围，会导致污垢堆积，刺激肛门皮肤，引起瘙痒，尤其在晚上可能感觉更明显。比如，有些人几天才清洗一次肛门，就容易出现这种情况。穿着不恰当： 穿着紧身、不透气的内裤，会使肛门周围局部温度升高、湿度增加，有利于细菌、真菌等滋生，引发瘙痒。例如，长时间穿着化纤材质的紧身内裤就可能导致这种问题。