月经结束后第三天进行性行为，怀孕的可能性较小，但不能完全排除怀孕的可能。以下是关于这个问题的具体分析：
1.安全期：女性的排卵日期通常在下次月经来潮前的14天左右。排卵日的前5天和后4天，连同排卵日在内共10天称为排卵期。除了排卵期和月经期，其他时间均为安全期。但需要注意的是，安全期并不是绝对安全的避孕方法，因为女性的排卵日期可能会受到情绪、环境等因素的影响而发生变化。
2.精子存活时间：精子在女性体内的存活时间为2-3天。如果在月经结束后第三天进行性行为，精子可能会在女性体内存活到排卵期，从而增加怀孕的机会。
3.个体差异：每个人的生理周期和排卵时间都有所不同，而且女性的排卵时间也可能受到其他因素的影响，如疾病、药物、压力等。因此，即使在安全期进行性行为，也不能完全排除怀孕的可能。
综上所述，月经结束后第三天进行性行为，怀孕的可能性较小，但不能完全排除怀孕的可能。如果您不希望怀孕，建议在进行性行为时采取有效的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药等。此外，如果您对自己的生理周期和排卵时间不确定，建议咨询医生或专业的医疗机构，以获取更准确的信息和建议。