月经干净第3天同房是否会怀孕不能确定，存在两种情况。
一、一般情况下不会怀孕。因为通常在月经周期中的排卵期怀孕几率才比较高，而排卵期一般是在月经周期，也就是月经干净后一周以后。精子排出后在女性体内可以存活2至3天的时间，月经干净第3天同房，等到排卵期的时候，精子往往已经失去活性，所以此时同房通常不会怀孕。
二、少数情况下会怀孕。如果月经周期不规律或者周期比较短，那么有可能会发生排卵期提前的现象，这样一来，在月经第3天同房就有少部分可能会怀孕。
总之，月经干净第3天同房，怀孕的可能性不确定，需要根据个人的月经周期等具体情况来综合判断。