月经结束后第三天进行性行为，怀孕的可能性较小，但不能排除怀孕的可能。以下是一些可能的情况：
1.安全期：一般来说，月经周期规律的女性，排卵日通常在下次月经来潮前14天左右，排卵日及其前5天和后4天称为排卵期。月经结束后第三天可能处于安全期，但安全期并非绝对安全，因为女性的排卵时间可能会受到情绪、环境等因素的影响而发生改变。
2.额外排卵：极少数女性可能会出现额外排卵，即使在安全期也可能怀孕。
3.精子存活时间：精子在女性体内可能存活2-3天，因此即使在安全期，精子也可能在排卵前到达输卵管并与卵子结合。
如果您担心怀孕，可以考虑以下措施：
1.紧急避孕药：在性行为后72小时内服用紧急避孕药，可以降低怀孕的风险。但紧急避孕药不能作为常规避孕方法，且可能会引起月经紊乱等副作用。
2.验孕：在性行为后14天左右，可以使用验孕棒或早孕试纸进行验孕。如果结果为阳性，建议及时就医进行进一步检查。
3.咨询医生：如果您对避孕或怀孕有任何疑问，可以咨询医生或计划生育专业人士，他们可以提供更详细和个性化的建议。
需要注意的是，每个人的身体状况和生理周期都不同，以上信息仅供参考。如果您对自己的健康或避孕问题有任何担忧，最好咨询专业医生的意见。此外，无论是否处于安全期，性行为时都应该采取适当的避孕措施，以保护自己的身体健康。