宝宝发烧39度且处于熟睡中，可通过饮食、冷敷、药物等方式来治疗。
一、饮食：当宝宝发烧39度处于熟睡状态时，需叫醒孩子，然后给孩子少量多次喂温开水。这样能促进排泄，让热量随尿液等排出体外，从而降低体温。而且孩子清醒后其体温调节能力会增强，对降温有帮助。
二、冷敷：若宝宝发烧39度并在熟睡中，可采取冷敷手段进行治疗。可以把湿冷毛巾放在宝宝的手腕、额头、小腿等部位来降温，当冷敷的毛巾温度升高后及时更换，如此重复可起到良好的辅助治疗效果。
三、药物：倘若宝宝发烧39度用上述方法效果不佳，那么还可在医生指导下使用利巴韦林、阿昔洛韦、更昔洛韦等抗病毒药物进行治疗，同时也可遵医嘱使用布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚等解热镇痛药物进行治疗。
总之，对于宝宝发烧39度且熟睡的情况，可根据具体情况选择合适的方法进行处理，以帮助宝宝尽快降温恢复健康。