当宝宝发烧39度但在熟睡中时，以下是一些建议的处理方法：
1.观察宝宝的状态：首先，需要观察宝宝的状态，确保宝宝呼吸平稳，没有出现呼吸困难或异常的呼吸声音。同时，注意宝宝的精神状态，如果宝宝仍然活泼、清醒，并且能够回应，那么可以先尝试在家中进行处理。
2.松解衣物：解开宝宝的衣物，确保宝宝的身体能够散热。但不要让宝宝着凉，可适当加盖薄被。
3.物理降温：可以使用温水擦拭宝宝的额头、颈部、腋窝和腹股沟等部位，帮助降低体温。但请注意，不要使用酒精擦拭，因为酒精可能会被宝宝吸收，导致中毒。
4.补充水分：让宝宝多喝水，以补充因发烧而流失的水分。如果宝宝不愿意喝水，可以尝试给宝宝喝一些稀释的果汁或口服补液盐。
5.服用退烧药：如果宝宝的体温持续升高，或者出现了明显的不适症状，如哭闹、烦躁、精神萎靡等，可以给宝宝服用退烧药。常用的退烧药有布洛芬或对乙酰氨基酚，但请务必按照药品说明书的剂量和使用方法给宝宝服用。
6.及时就医：如果宝宝的体温持续不降，或者出现了其他严重症状，如呼吸急促、咳嗽加剧、呕吐、腹泻等，应立即带宝宝去医院就诊。在前往医院的途中，可以继续给宝宝进行物理降温，并保持宝宝的呼吸道通畅。
需要注意的是，每个宝宝的情况都不同，如果对宝宝的病情有任何疑虑，最好咨询医生的意见。此外，在宝宝发烧期间，要密切观察宝宝的病情变化，确保宝宝的安全和健康。