怀孕三个月肚子痛的原因主要有以下这些：
一、生理性腹痛。如果腹痛并不明显，且在休息后能够有所缓解，通常考虑是生理性腹痛。这主要是由于怀孕后子宫增大，对韧带造成牵拉而导致的。对此建议尽量多卧床休息。
二、先兆流产。要是腹痛加重，同时伴有阴道流血的情况，那么就有先兆流产的可能。这种情况下建议尽量进行保胎治疗。
三、其他疾病。比如因胃肠炎、肠痉挛、急性胰腺炎、盆腔炎、腹膜炎等所引起。此时建议及时做好相关检查，并对症进行处理，以免延误病情，甚至导致流产的发生。
总结：怀孕三个月肚子痛可能由生理性腹痛、先兆流产或其他疾病导致，应根据具体症状采取相应措施，包括休息、保胎治疗、检查及对症处理等。