胆结石手术一般来说出现严重后遗症的概率较低，但仍可能存在一些情况。比如胆瘘，发生率大约在1%~5%左右，是指胆囊床或者胆管部位有胆汁渗漏的情况。另外，胆管损伤也是胆结石手术可能出现的后遗症，虽然发生率较低，约为0.1%~0.5%，但一旦发生后果较严重。还有可能出现术后胆管残余结石，发生率大概在5%~10%，这是因为手术中没有将所有结石取净，或者新形成结石残留。
术后感染相关后遗症
切口感染：如果患者本身有糖尿病等基础疾病，或者术后护理不当，胆结石手术切口感染的风险会增加。比如血糖控制不佳的糖尿病患者，切口感染率可能比正常人群高2~3倍。一般来说，正常人群胆结石手术切口感染率在1%~3%左右，而糖尿病患者可能会达到5%以上。腹腔感染：相对切口感染概率低一些，但也有发生可能。如果术中胆道系统污染，就容易引发腹腔感染。一旦发生腹腔感染，患者会出现腹痛加剧、发热等症状，严重的可能需要再次手术处理。
胆囊切除术后综合征
消化不良：部分患者在胆囊切除后会出现消化不良的情况，尤其是在进食油腻食物后。这是因为胆囊切除后，胆汁的储存和排放模式改变，影响了脂肪的消化吸收。大约有10%~30%的患者会出现不同程度的消化不良症状，表现为上腹部饱胀、食欲减退等。腹痛：约有10%~20%的患者在胆囊切除术后会有腹痛症状，疼痛部位多在上腹部或右上腹，疼痛性质多样，可能是隐痛、胀痛等。其发生机制可能与胆道功能紊乱、Oddi括约肌功能失调等有关。
结石复发相关情况
虽然做了胆结石手术，但还是有一定的结石复发风险。如果是胆囊结石行胆囊切除术后，胆管结石复发率在5年内约为2%~4%，10年内约为4%~8%。这是因为胆汁成分异常等因素可能导致胆管内又形成结石。而如果是胆总管结石取石术后，结石复发率相对更高，5年内可能达到10%~15%左右，主要与胆道感染、胆汁淤积等因素有关。