月经断断续续不干净可能是由内分泌因素、子宫内膜炎、子宫肌瘤等原因所致。
一、内分泌因素：
月经主要是子宫内膜脱落形成，而子宫内膜通常受体内雌激素与孕激素影响。当女性体内出现内分泌紊乱时，就容易引发月经失调，进而导致月经呈现断断续续的状况。比如，可能是激素分泌失衡，使得子宫内膜的脱落和修复出现异常，从而引起月经的不规律。
二、子宫内膜炎：
子宫内膜炎会对子宫收缩产生影响，致使经血淋漓不尽、月经期延长。同时，患者可能伴有痛经，部分女性还会出现月经有异味的症状，所以会有月经不干净的现象。这是因为炎症刺激影响了子宫的正常收缩和经血的排出。
三、子宫肌瘤：
子宫肌瘤一般会使宫腔面积增大，相应的子宫内膜面积也随之增大，这会干扰子宫收缩，导致月经期延长、月经失调等。患者的月经就可能表现为断断续续的。比如，肌瘤的存在可能改变子宫内的环境和血流状况，影响月经的正常运行。
除了以上较为常见的原因外，还有如子宫腺肌病等其他可能性疾病。因此，建议患者一旦出现这种情况应及时就诊，积极治疗，以免病情延误而造成不良影响。