灰指甲是由皮肤癣菌等真菌侵犯甲板或甲下所引起的疾病，治疗方法多样，其中药物治疗是常见方式。一般来说，治疗灰指甲可以采用外用药物联合口服药物的方式，不过具体效果因个体差异有所不同。
外用药物治疗
局部涂抹抗真菌药：像阿莫罗芬搽剂就比较常用，它能渗透进甲板发挥抗真菌作用。每周使用1 - 2次，坚持使用数月可能见到效果。不过涂抹时要注意先把病甲适当修整，让药物更好接触。环吡酮胺乳膏：也可用于灰指甲的局部治疗，直接涂抹在病甲周围皮肤及病甲上，抑制真菌生长，但对于较严重的灰指甲，单独使用可能效果有限。
口服抗真菌药
伊曲康唑：是常用的口服抗真菌药，采用冲击疗法，即每月服用一周，连续数月。它能抑制真菌细胞的麦角固醇合成，从而发挥抗真菌作用。不过服用前需要检查肝功能，因为它可能对肝脏有一定影响。特比萘芬：同样是口服抗真菌药，每天服用一次，连续服用数月。它可以抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻断真菌细胞膜合成。使用时也要关注可能出现的胃肠道不适等不良反应。
手术治疗
病甲清除术：对于单发的灰指甲，可在局部麻醉下，将病甲拔除。不过术后要注意预防感染，且新长出来的指甲可能需要较长时间恢复，而且单纯拔甲后仍有复发可能，因为甲床可能仍有真菌残留。激光治疗：利用特定波长的激光照射病甲，破坏真菌生存环境。一般需要多次治疗，每次治疗间隔一定时间，对于部分患者有一定效果，但费用相对较高，且不是所有患者都能达到理想的根治效果。
日常护理要点
保持足部干燥：灰指甲患者要注意保持脚部干燥，避免长时间处于潮湿环境，因为真菌喜欢潮湿环境，这样能减少真菌滋生。比如每天洗完脚后要擦干，穿透气性好的鞋子和袜子。避免交叉感染：不要与他人共用拖鞋、脚盆等物品，防止将真菌传染给他人，同时自己身上其他部位的真菌感染也可能传染到指甲，所以要积极治疗身体其他部位的癣病。