灰指甲主要由皮肤癣菌等真菌感染引起，治疗方法有多种，一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方式来有效治疗。比如外用抗真菌药物疗程通常较长，可能需要连续使用数月；口服抗真菌药一般需要坚持服用几个月。
外用药物治疗
局部涂抹制剂： 像阿莫罗芬搽剂就比较常用，它能渗透进甲板，抑制真菌生长。使用时要先清洁病甲，然后均匀涂抹在病甲及周围皮肤上，一般一周使用1 - 2次。不过，外用药物治疗起效相对较慢，而且对于严重的灰指甲可能效果有限。复方制剂： 有些复方的水杨酸软膏等也可用于灰指甲辅助治疗，水杨酸能软化病甲，帮助药物更好地渗透，但使用时要注意避免接触周围正常皮肤，以免引起刺激。
口服抗真菌药物
伊曲康唑： 是常用的口服抗真菌药，采用冲击疗法，即服用一周，停药三周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。它能抑制真菌细胞的合成，从而发挥抗真菌作用。但服用前需要检查肝功能，因为它可能对肝脏有一定影响，有肝脏疾病的患者要谨慎使用。特比萘芬： 也是口服抗真菌的首选药物之一，一般每天服用一次，连续服用几个月，具体时间根据病情而定。它可以选择性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜的合成。同样，服用前也需要关注肝功能情况，孕妇及哺乳期女性要避免使用。
手术治疗
病甲拔除术： 对于单发的灰指甲，可以考虑病甲拔除。但手术拔除病甲后，新长出的指甲仍有可能再次被真菌感染，所以术后还需要配合抗真菌治疗。而且术后要注意保持伤口清洁，避免感染，一般拔除病甲后，新甲生长需要一定时间，可能需要1 - 3个月才能完全长出健康的新甲。激光治疗： 近年来也有激光治疗灰指甲的方法，利用特定波长的激光破坏真菌细胞。不过激光治疗一般需要多次进行，每次治疗时间较短，但费用相对较高，而且不是所有患者都适合激光治疗，需要医生评估病情后决定是否采用。