肛门瘙痒且有肉疙瘩，可能是以下原因引起：
1.痔疮：内痔或混合痔通常无炎症时不会有疼痛，仅感觉肛门部坠胀或排便困难。当内痔或混合痔脱出嵌顿，出现水肿、感染、坏死时，则会导致肛门瘙痒和肉疙瘩。
2.肛周脓肿：肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿，称为肛管、直肠周围脓肿。其特点是自行破溃，或在手术切开引流后常形成肛瘘。如果脓肿延误了早期手术治疗，可造成脓肿范围的扩大、部位的蔓延，甚至形成复杂性肛瘘，就需要二次手术治疗。
3.尖锐湿疣：肛门部湿润、不洁，容易发生尖锐湿疣病毒感染，局部表现为菜花状赘生物，逐渐增大，具有瘙痒和压迫感，合并细菌感染可有恶臭。
4.肛门湿疹：是一种皮肤病，常常伴有瘙痒。任何年龄的人，均可发生。肛门湿疹的外形是很小的斑点状红疹，逐渐增大，看起来不疼不痒，对人体健康没有特别的影响，但是会引发瘙痒，长时间瘙痒不愈则会导致肛门周围皮肤增厚，有的还会出现皲裂、渗出、结痂、脱屑等变化。
5.肛管直肠脱垂：肛管直肠脱垂是指肛管、直肠黏膜或直肠、部分乙状结肠向下移位，脱出肛门外的一种疾病，俗称脱肛。早期便后可自行回纳，随着病情的发展，脱出物逐渐增长，变粗，甚至咳嗽、负重、行路、下蹲时也会脱出，不易回纳，需用手推回或卧床休息后，方能回纳。如果脱出未即时回纳，直肠黏膜充血、水肿，会出现肛门瘙痒、疼痛、坠胀等症状。
6.直肠肿瘤：较隐蔽，在出现便血以前，很难早期发现。一般发展到一定程度时才出现临床症状，有人称之为无症状的潜伏便血。当瘤体增大，肛管或直肠被刺激，产生分泌物，引起肛门瘙痒、疼痛、坠胀。如果内痔进一步发展，排便时会有痔核脱出，轻者便后自行回纳，重者需用手上推回。当肿瘤侵犯到肛管或直肠，会引起大便变细或变形，大便习惯改变，次数增多或便秘，或便秘与腹泻交替出现。如果肿瘤表面破溃、感染，会出现大便带血，血色鲜红或暗红，量不多，伴有肛门部坠胀或里急后重感。
出现肛门瘙痒且有肉疙瘩的症状，建议及时就医，明确诊断后，进行针对性治疗。