肛门痒且有小肉疙瘩，可能是以下原因引起：
1.痔疮：内痔或混合痔通常无炎症时不会出现疼痛，仅感觉肛门部坠胀或排便困难。当内痔或混合痔脱出嵌顿，出现水肿、感染、坏死时，即可出现肛门瘙痒和肛门肿物脱出。
2.肛周脓肿：起病急，且容易误诊。由于部分脓肿位置较深，病变多发生在植物神经支配的区域，所以疼痛不明显，表现为肛门坠胀、坠痛或直肠刺激症状。
3.肛门湿疹：是一种常见的非传染性皮肤病，病变多局限于肛门周围皮肤，亦偶有蔓延至臀部、会阴及阴蒂，局部可出现红疹、红斑、糜烂、渗出、结痂、脱屑。病程长，肛门周围皮肤常增厚，颜色灰白或暗红、粗糙，以致发生皲裂、渗出、瘙痒、反复发作为主要特点，任何年龄均可发病。
4.尖锐湿疣：是由人乳头瘤病毒（HPV）感染所致的以肛门生殖器部位增生性损害为主要表现的性传播疾病。大多发生于18～50岁的中青年人。大约经过半个月至8个月，平均为3个月的潜伏期后发病。此病较为常见，主要通过性接触传播。
5.直肠脱垂：是指肛管、直肠黏膜或直肠、部分乙状结肠脱出于肛门外的一种疾病。部分脱垂可见圆形、红色、表面光滑的肿物，黏膜皱襞呈放射状排列，脱垂部分为两层折叠的黏膜。排便后自行缩回。若脱出时间较长，可引起肛门括约肌松弛，常有分泌物流出，导致肛门潮湿瘙痒。
如果出现肛门痒和小肉疙瘩的症状，建议及时就医，明确诊断后进行相应的治疗。同时，要注意保持肛门清洁，避免搔抓和摩擦，穿着宽松透气的内裤。