怀孕三个月腰疼可能由生理原因及病理原因导致，比如缺钙、腰椎疾病等。
一、生理原因：
1.怀孕三个月时，子宫逐渐增大，会使身体重心前移，此时孕妇为保持重心平衡，可能会出现腰部疼痛现象。
2.怀孕后孕妇通常运动量减少，久坐容易引发腰疼。
二、缺钙：
怀孕三个月，胎儿的发育使得对钙的需求量增加，如果没有及时补钙，就容易导致腰疼情况的出现。所以在孕期及时补钙是非常重要的事情。
三、腰椎疾病：
少数孕妇在孕前可能就存在椎间盘突出或椎间盘膨出等情况，平时临床症状可能不明显，但随着怀孕后体重的增加，会导致原有疾病进一步加重，从而可能导致怀孕三个月时出现腰疼。
怀孕三个月腰疼需引起重视，建议适当补钙，适度进行活动，观察腰疼是否有所好转。如果持续不缓解，就需要及时到当地医院妇产科就诊，找出具体原因，有针对性地制定治疗方案，避免因腰疼对胎儿及孕妇的身体状况造成不良影响。