肛瘘主要依靠手术治疗，旨在去除病灶并减少肛门括约肌损伤以保护肛门功能，多数患者手术效果良好，不适宜手术者可保守治疗，具体哪种方法效果好需视患者具体情况而定。
一、手术治疗：
1.瘘管切开术：去除坏死组织，适用于低位肛瘘，术后肛门失禁风险低。
2.挂线疗法：利用橡皮筋穿过瘘管内外口，靠其回缩力阻断结扎侧血液循环并缓慢切开，适用于特定的低位或高位单纯性肛瘘，或作为复杂性肛瘘切开、切除的辅助，能引流瘘管并排出渗液，操作简单且出血少。
3.肛瘘切除术：切除瘘管壁，适用于低位单纯性肛瘘或高位肛瘘中成熟的较低部分。
二、其他情况：
1.若患者无法手术或手术效果不佳，瘘管挂线引流且带瘘生活是安全手段，引流时要按时换药并遵医嘱抗感染。
2.患者日常生活中要保持健康饮食并调理好排便，防止刺激肛瘘内口。
3.部分患者出现相关症状且无法立即手术时，可中药药液坐浴缓解局部疼痛、促进局部炎症消散，还可用甲硝唑、生理盐水冲洗瘘管，或从外口注入生物蛋白胶，此方法无创伤、无痛苦，但治愈率低且仅适用于单纯性肛瘘。
肛瘘通常由肛周脓肿引起，脓肿破溃或反复切开形成瘘管位于肛周。确诊后应积极治疗，以免发展成高位复杂性肛瘘，增加治愈难度和患者痛苦。