小便肾疼可能由以下原因导致：
一、尿道结石：患者在小便时，结石排入后尿道，结石与输尿管黏膜产生摩擦，可能引发输尿管痉挛，进而致使患者出现小便肾疼的状况。对此，患者可在医生指导下服用相关药物进行治疗，例如肾石通颗粒、排石颗粒等。
二、输尿管膀胱反流：患者患病后，膀胱内压力升高，会导致小便时尿液经反流的输尿管到达肾部，从而出现小便肾疼的症状。这时患者可在医生指导下服用如复方磺胺甲噁唑分散片、阿莫西林等药物。
三、肾盂肾炎：肾炎指的是肾部出现炎症的一种疾病。患病后炎症对局部黏膜形成刺激，会导致肾疼，有时就表现为小便肾疼。患者需要按照医生的叮嘱使用药物治疗，比如盐酸米诺环素胶囊、头孢克肟颗粒等药物。
总结概况提示：小便肾疼可能是多种病症引起，文中介绍了尿道结石、输尿管膀胱反流、肾盂肾炎三种可能情况及相应的治疗药物，具体治疗应根据个人实际病情，在医生的专业指导下进行。