巨细胞病毒感染的症状因感染人群不同而有所差异。对于健康人群，多数人感染后并无明显症状，少部分人可能出现类似感冒的表现，如低热、乏力、肌肉酸痛等，持续时间可能较短，一般数天至2周左右。而对于免疫功能低下人群，如艾滋病患者、器官移植后长期使用免疫抑制剂的人等，感染巨细胞病毒后症状会较为严重，可能累及多个器官系统。
婴儿感染巨细胞病毒的症状
先天性感染： 部分婴儿在子宫内感染巨细胞病毒，可能出现生长发育迟缓、小头畸形、肝脾肿大、黄疸等症状，严重的还可能导致智力低下、听力丧失等问题。围生期感染： 婴儿通过产道或母乳感染巨细胞病毒，多数无明显症状，少部分可能出现轻度肝炎，表现为肝脏肿大、肝功能轻度异常等。
免疫功能正常成人感染巨细胞病毒的症状
无症状感染： 大多数免疫功能正常的成人感染巨细胞病毒后没有明显症状，病毒可在体内潜伏，当机体免疫功能下降时可能被激活。有症状感染： 少部分人会出现发热、咽痛、乏力、淋巴结肿大等类似传染性单核细胞增多症的表现，一般病程持续2 - 4周左右可自行缓解，但也有个别患者症状持续时间较长。
免疫功能低下人群感染巨细胞病毒的症状
肺部感染： 可出现咳嗽、呼吸困难、发热等症状，胸部影像学检查可能发现肺部浸润影。胃肠道感染： 表现为腹痛、腹泻、恶心、呕吐等，严重时可能导致胃肠道出血等并发症。神经系统感染： 如脑炎，可出现头痛、意识障碍、抽搐等神经系统症状。