捐献造血干细胞可能出现的危害主要在于捐献过程中，其可能产生多种并发症。常见的有骨痛、头痛，此外还有乏力、低热以及其他少见的反应等，但通常这种危害比较小，多数供者能够承受。捐献造血干细胞需要使用重组人粒细胞集落刺激因子，这会带来一些不良反应。除了骨痛等急性期不良反应外，还包括胸痛、注射部位肿痛等。一般停用48小时后这些反应可自行消失，部分供者可给予解热镇痛药物进行治疗。同时还可能出现焦虑、失眠、体重增加、恶心、呕吐等不良反应，不过多数副作用较为轻微，能够较好地耐受，且一般停药后也会好转。此外，还有可能引发轻度凝血功能异常，有观点认为这些副作用的发生率和严重程度与重组人粒细胞集落刺激因子的剂量相关。在采集过程中需要进行体外抗凝，抗凝剂会结合钙离子，从而使患者出现口周麻木、QT间期延长等低血钙症状，甚至会出现抽搐、惊厥等情况，所以需要补充葡萄糖酸钙进行预防。
尾段总结：捐献造血干细胞主要的危害体现于过程中可能的并发症和因使用相关药物带来的不良反应，如骨痛等多种反应、凝血功能异常等，不过总体危害不大且多数能较好耐受，同时针对一些症状有相应的应对措施。