近视眼患者眼睛发疼的原因可能有以下几点：
1.用眼过度：长时间用眼，如看书、使用电子设备等，可能导致眼睛疲劳和疼痛。
2.眼睛干燥：长时间使用空调、空气干燥等环境，可能导致眼睛干燥，引起疼痛。
3.近视度数加深：近视度数的变化可能导致眼睛的屈光状态发生改变，从而引起眼睛疼痛。
4.眼部疾病：如角膜炎、虹膜炎、青光眼等眼部疾病，也可能导致眼睛疼痛。
5.其他因素：头部或眼部的外伤、长时间佩戴隐形眼镜、全身性疾病等也可能引起眼睛疼痛。
如果出现眼睛疼痛，建议及时就医，进行详细的眼部检查，以确定具体原因并采取相应的治疗措施。同时，应注意以下几点：
1.合理用眼：避免长时间用眼，每40-50分钟休息5-10分钟，可远眺或做眼保健操。
2.保持眼部湿润：使用加湿器、避免长时间吹空调等，以保持眼部湿润。
3.正确佩戴隐形眼镜：按照说明书正确佩戴和护理隐形眼镜，避免过夜佩戴。
4.眼部保健：多吃富含维生素A、C、E的食物，避免吸烟和饮酒等。
5.定期检查：定期进行眼部检查，及时发现和处理眼部问题。