口腔溃疡的治疗药物有多种，一般来说局部用药较为常用，比如西瓜霜喷剂，它能在数小时内起到一定的止痛、促进溃疡愈合作用，大概使用1 - 2天能看到症状改善迹象。
局部外用药
口腔溃疡散：主要成分有青黛、白矾、冰片等，具有清热敛疮的作用，直接撒在溃疡面上，能缓解疼痛，促进溃疡部位愈合，使用时要注意避免接触眼睛等黏膜部位。重组人表皮生长因子凝胶：能促进口腔溃疡创面的愈合，它可以刺激细胞的增殖、迁移等，加快溃疡部位的修复过程，一般每天涂抹2 - 3次，涂抹后尽量保持局部安静，让药物更好地发挥作用。
含漱类药物
氯己定含漱液：它能有效杀灭口腔内的细菌，抑制菌斑形成，对于因细菌感染引起的口腔溃疡有一定的辅助治疗作用，每次含漱10 - 30秒，每天含漱2 - 3次，但长期使用可能会导致口腔黏膜染色，所以不宜长期频繁使用。康复新液：它可以修复溃疡创面，改善创面微循环，促进肉芽组织生长，含漱时取适量药液含于口中，保持一段时间后吐出，每天含漱3 - 4次，儿童使用时需在成人监护下进行。
口服类药物
维生素类药物：如维生素B₂，当人体缺乏维生素B₂时容易引发口腔溃疡，适当补充维生素B₂可能有助于预防和辅助治疗口腔溃疡，一般成人每天服用量在2 - 10毫克，但要注意不要过量服用，过量可能会出现一些不良反应。免疫调节剂：对于反复发生且较为严重的口腔溃疡，可能会用到免疫调节剂，比如转移因子口服液等，它可以调节机体的免疫功能，但这类药物需要在医生的指导下使用，因为它有一定的适应证和禁忌证，比如免疫功能低下的人群可能会考虑使用，但具体要根据患者的病情来判断是否适用。