治疗口腔溃疡的药物有多种，常见的局部用药如西瓜霜喷剂，一般使用后能在数小时内起到一定的缓解疼痛、促进愈合的作用。
局部外用药物
含漱剂： 氯己定含漱液是比较常用的，它可以杀灭口腔内的细菌，抑制细菌繁殖，有助于减轻口腔溃疡部位的炎症，一般每天含漱2 - 3次，每次含漱10 - 30秒。含片： 西地碘含片，它能在唾液作用下逐渐释放出碘，有杀菌抗感染的功效，含服时一般一次1片，一日3 - 5次。
散剂类药物
冰硼散： 由冰片、硼砂等中药组成，有清热解毒、消肿止痛的作用，使用时将适量药粉吹敷于溃疡处，能缓解口腔溃疡带来的疼痛，促进溃疡面愈合。锡类散： 同样是中药散剂，含有多种中药成分，能起到解毒化腐的作用，用于口腔溃疡的治疗，撒布于患处即可。
凝胶类药物
重组人表皮生长因子凝胶： 能促进口腔溃疡创面的愈合，它可以刺激细胞的增殖、迁移等，加快溃疡部位的修复过程。一般清洁创面后，取适量凝胶涂抹于溃疡处，一日使用2 - 3次。不过，儿童使用时需在成人监护下进行，避免误吞等情况。
口服药物
维生素类药物： 如维生素B2，当人体缺乏维生素B2时可能会引发口腔溃疡，适当补充维生素B2有助于预防和辅助治疗口腔溃疡。一般成人每天的推荐摄入量是男性1.4mg左右，女性1.2mg左右，但具体服用需遵医嘱，儿童服用剂量会根据年龄等有所不同。免疫调节剂： 对于一些反复发生口腔溃疡且与免疫因素相关的患者，可能会用到转移因子等免疫调节剂，但这类药物的使用需要医生根据患者的具体病情来判断是否适用，比如对于免疫力低下导致经常口腔溃疡的人群，医生会综合评估后决定是否使用。