口腔溃疡的治疗药物有多种，常见的局部用药如西瓜霜喷剂，一般喷后几分钟就能起到一定的止痛、促进愈合作用。
局部外用药物
西瓜霜喷剂：主要成分有西瓜霜、硼砂等，能起到清热解毒、消肿止痛的作用，直接喷于口腔溃疡表面，可缓解疼痛，促进溃疡愈合，通常每天使用3 - 5次。冰硼散：由冰片、硼砂等组成，有清热解毒、消肿止痛功效，用药时取少量吹敷于患处，能减轻口腔溃疡带来的疼痛，促进创面修复，但使用时要注意避免接触眼睛等黏膜部位。
含漱类药物
氯己定含漱液：可以抑制口腔内细菌生长，浓度一般为0.2%，每天含漱2 - 3次，每次含漱10 - 30秒，能减少口腔溃疡部位的细菌感染，有助于溃疡愈合，但长期使用可能会使牙齿着色，儿童使用时需谨慎。康复新液：是一种中成药制剂，用它含漱时，能促进肉芽组织生长，促进溃疡面修复，含漱后可保留在口腔内一段时间，每次含漱5 - 10毫升，每天3 - 4次。
促进愈合的药物
重组人表皮生长因子凝胶：能促进皮肤黏膜创面的愈合，将凝胶涂于口腔溃疡表面，可加速溃疡部位细胞的增殖、分化，从而促进愈合，一般每天使用2 - 3次，使用时要注意保持用药部位清洁。维生素类药物：如维生素B2片，当人体缺乏维生素B2时可能引发口腔溃疡，适当补充维生素B2有助于预防和辅助治疗口腔溃疡，但要注意按推荐剂量服用，成人一般每天服用2 - 3次，每次1 - 2片，过量服用可能会有不良反应。