肾囊肿发病的原因目前尚不十分明确，一般认为可能与多种因素有关。据研究，先天性发育异常可能是其中一个因素，比如肾小管憩室，随着年龄增长，肾小管憩室会逐渐增多，进而可能发展为肾囊肿。
遗传因素相关
多囊肾相关遗传： 有一种常染色体显性遗传的多囊肾疾病，这种疾病有一定的遗传规律。如果父母一方患有常染色体显性多囊肾，其子女有50%的概率会遗传该疾病，进而引发肾囊肿相关病变。
肾小管梗阻因素
肾小管梗阻导致： 肾小管梗阻会使尿液排出受阻，肾小管近端扩张，逐渐形成囊肿。比如某些先天性的肾小管结构异常，就可能引起局部肾小管梗阻，长时间梗阻后就容易形成肾囊肿。另外，后天的一些炎症、结石等也可能造成肾小管梗阻，增加肾囊肿发病风险。
年龄与代谢因素
年龄增长的影响： 随着年龄的增长，肾囊肿的发病几率会增加。一般在成年人中更为常见，尤其是50岁以上的人群，肾囊肿的发生率会有所升高。代谢因素的关联： 一些代谢异常也可能与肾囊肿发病有关。例如，体内某些代谢产物的异常堆积，可能会影响肾脏组织的正常结构和功能，从而为肾囊肿的形成创造条件。比如高尿酸血症患者，尿酸盐结晶可能在肾脏组织沉积，影响肾小管等结构，增加肾囊肿发病风险。