右肾囊肿发病的原因目前尚未完全明确，可能与多种因素有关。一般认为，遗传因素可能是其中一个方面，比如一些遗传性疾病可能会增加右肾囊肿发病的风险，有研究显示约10%的肾囊肿患者有家族遗传倾向。
遗传因素相关情况
多囊肾相关遗传： 常染色体显性多囊肾是一种常见的遗传性疾病，患者的肾脏会出现多个囊肿，其中就包括右肾囊肿的可能。这种疾病通常在30 - 50岁左右开始出现症状，但遗传基因在胚胎时期就已经存在，从基因层面影响肾脏结构的发育，使得肾脏容易形成囊肿。遗传突变影响： 一些特定基因的突变会增加右肾囊肿的发病几率。例如，PKD1基因和PKD2基因的突变与常染色体显性多囊肾密切相关，这些基因突变会导致肾脏细胞的生长和分化出现异常，进而促使囊肿的形成。
肾小管憩室发展而来
肾小管憩室起源： 肾脏中的肾小管在发育过程中可能会形成憩室，随着时间的推移，这些憩室有可能逐渐扩大形成囊肿。正常的肾小管功能是重吸收和分泌物质，当出现憩室后，其内部的液体不断积聚，就会使憩室逐渐膨胀成为囊肿，进而影响右肾的正常结构和功能。年龄相关憩室变化： 随着年龄的增长，肾小管憩室形成囊肿的几率会增加。一般来说，40岁以上的人群中，右肾囊肿的发病几率相对更高一些，这可能与肾小管随着年龄增长出现退行性变化，更容易形成憩室并发展为囊肿有关。
其他可能因素
感染因素影响： 肾脏部位的感染可能会对肾小管等结构产生刺激，影响其正常功能，从而增加右肾囊肿的发病风险。比如反复的肾盂肾炎等肾脏感染性疾病，会导致肾脏组织损伤，引发炎症反应，进而可能促使囊肿形成。代谢因素作用： 一些代谢紊乱的情况也可能与右肾囊肿发病有关。例如，体内的一些代谢物质异常堆积，可能会影响肾脏细胞的代谢过程，使得肾脏细胞的生长调节失衡，增加囊肿形成的可能性。不过目前对于代谢因素具体如何影响右肾囊肿发病的详细机制还在进一步研究中。