卵巢早衰的病因较为复杂，涉及遗传因素、自身免疫性疾病、医源性因素等多方面。
遗传因素
部分卵巢早衰与遗传有关，如X染色体相关基因异常等遗传突变可能导致卵巢功能过早衰退，一些家族性卵巢早衰病例往往有明确的遗传背景，遗传因素可使个体从出生起就存在卵巢功能潜在受损的倾向。
自身免疫性疾病
自身免疫性疾病可攻击卵巢组织，引发卵巢早衰。例如，自身免疫性甲状腺疾病等自身免疫性病症，机体的免疫系统错误地将卵巢组织当作外来异物进行攻击，破坏卵巢的正常结构和功能，进而影响卵巢激素的分泌和卵子的生成，导致卵巢早衰发生。
医源性因素
某些医疗操作或治疗可能引起卵巢早衰。如盆腔手术，若手术范围涉及卵巢或影响卵巢血液供应，可能损伤卵巢组织；另外，化疗药物在杀灭肿瘤细胞的同时，也可能对卵巢的生殖细胞和卵巢组织造成不可逆的损害，导致卵巢功能提前衰退。
环境及生活方式因素
长期处于不良环境中，如接触过多的有害物质、辐射等，可能影响卵巢功能。此外，不健康的生活方式，像长期熬夜、过度节食、吸烟酗酒等，也会干扰内分泌系统，影响卵巢的正常生理功能，增加卵巢早衰的发生风险，这些因素对不同年龄、性别的人群都可能产生作用，尤其对于长期作息不规律、饮食不均衡的女性影响更为明显。